倒置顯微鏡組成和普通顯微鏡一樣，主要包括三部分：機械部分、照明部分、光學部分。其中與普通顯微鏡有明顯區別的是：物鏡與照明聚光系統的相對位置。相比于普通顯微鏡，倒置顯微鏡的物鏡與照明聚光系統以載物臺為軸顛倒位置，物鏡在載物臺之下，照明系統在載物臺之上。這樣的構造使得照明聚光系統與載物臺的有效距離可以顯著擴大，便于放置培養皿、細胞培養瓶等較厚的待觀察器具（當然載玻片等也可以），而同時物鏡與材料之間的工作距離不必很大。